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孙承宗与众官重新拜过后落坐，开始向首辅方从哲询问朱常洛从生病到不治身亡的整个医疗过程与身体状况。孙承宗这是替朱慈焯问询，他已清楚朱慈焯不愿在登极之初朝廷发生巨大动荡，更不愿东林党人借机发力把刚刚修整好的政治系统破坏，因此要在众多弹劾奏件递上来之前对事件有个综合定性。
孙承宗也是在辅导朱慈焯如何治理国家、处理朝政，全心全意地把没来得及教的科目补上，要担起这个破败的江山确实不是件容易的事情，何况朱慈焯还是个“十六”虚岁的小皇帝。
排除了移宫案朱慈焯才能及时地与大臣们交流，不然他还被西李与魏忠贤禁铟在乾清宫内。因此这成就了朱慈焯初极时期的不孝之名，虽然当初的朱由校也担有此罪，却明显比朱慈焯轻了许多倍。
这个案子还挺复杂，朱常洛生病后先吃了内侍崔文升进的药，吃后一晚泄了四十余次昏迷过去，方从哲才接到内廷关于朱常洛病重的奏报。
后请宫中老太医进行疹治，说是要用生血补精之药长期调养才能恢复。而朱常洛性急，以为自己的病难再好转，便私自用了鸿胪寺丞李可灼进献的红丸仙丹，方从哲想劝阻也没用。
两天前朱常洛进了一粒感觉好了许多，还能出殿走动，让方从哲写折子对他进行封赏，并崔促李可灼再进一粒。方从哲不相信有什么仙药，见朱常洛有所好转便阻止李可灼再进红丸仙丹，直到今天终究抵不住朱常洛的再三崔讨，上午吃了红丸后下午三点多便归了天。
方从哲细细讲完长长松了口气，他还要为朱常洛写遗旨，朱慈焯召集的坐谈会给他帮了大忙。最后说道：“那崔文升曾在郑贵妃宫中当内侍，此前的事情会不会与郑贵妃有关？”
因为没有了移宫案，郑贵妃与西李想挟持朱慈焯进行“垂帘听政的图谋”已遭破坏，这红丸案变得更加扑簌迷漓，害死朱常洛之后最大的赢家变成了朱慈焯。此时朱慈焯听着只有默默流泪，不能再说什么，魏忠贤死后更加说不清楚了。
除了避免东林党称霸朝廷及之后的魏忠贤篡权，其它的事情的朱慈焯暂时还不能改变太多，当然司礼监的王安以后得换人。趁着众人长时的沉默，朱慈焯点上了第二根烟，吸了一口望着众人的诧异的眼神说道：“不足一月间朕与皇考相继极位，建州奴必将趁些机会进兵辽东，是以红丸一案不能对朝廷有所影响。杨涟......”
杨涟一直虎着脸，显然看不惯久居首辅之位的方从哲，因为方从哲在万历朝做了七年多独辅，当时正是接替了东林党人叶向高的独辅之位。杨涟倒不是因为忌妒或党争，而是对万历朝的混乱有意见，对郑贵妃的跋扈有意见，更对大明腐朽的官场有意见。
“臣在......”杨涟应着起身欲拜奏却被朱慈焯阻止了。
朱慈焯劝他坐了又不想说原想说的，改口说道：“崔文升、李可灼等人此次必死无疑，其余就不必再牵连开去，也不要弄出太大的动静。另外派名忠直之士去洛阳当几年差，把那些祸乱百姓的奸邪之徒一个个给揪出来。还有五军都督那批蒙着祖荫不做事的人，如惹犯事必除其爵，朕要重建三十万禁军。大明已经养不起这批人了，也养不起那群弹劾来弹劾去的言官，把一个本该精忠报国、忠君之事的朝廷弄得四分五裂。党争就没个消停的时候？”
朱慈焯最后还是忍不住说出了想说的话，大明大宋皆亡于党锢之争，中国自宋代之后皆是在内部斗来斗去。当官的只考虑个人或小团体的利益，内斗让他们没有时间与精力去为国为民做更多的事情。
他的话中包含着很多意思，这次朱常洛的死不能被东林党所用，但他自己却要用来削郑贵妃儿子的藩。其次把五军都督府里的勋戚换一下，在朱慈焯一朝要重用武将，要换一批公侯伯勋爵，要大力扩张军事力量。第三就是要削掉六科言官，骂人不打草稿把朝廷弄成了吵架骂街的场所，却不去做一些实实在在的事情。
大家都已领教过这位少帝行事的才能，感觉比泰昌帝要强出许多，所考虑的事情比他们这些在官场上争斗的人远得多。朱慈焯总喜欢绕开内侍与司礼监直接与大臣面谈，敢于与这群大儒商谈朝政，而且时能度人先机。
朱慈焯在乾清宫坐守偷睡了一夜灵，把不孝的罪名略略减轻了些，第二日如雪般的奏折飞进了紫禁城，飞到了司礼监王安的手上。王安却不敢再处置，一件件压着毫无理会。
午间把光宗的灵柩送入仁智殿回到乾清宫，朱慈焯不得不亲自出面与李选侍交涉。指出她与郑贵妃联合欲专朝政谋立皇后的事实，并有“弑君”的嫌疑，而迫害自己的生母王才人，以及禁锢控制自己的罪行还在其次。
但看在光宗宠爱的份上，以及名誉上的养母之情，同意以进封贵妃作条件，要不李选侍迁往养老之所仁寿宫。由于朱慈焯这些天跟西李的争斗，她本已对控制太子一事失去了指望，而今得力的内侍李进忠已死。李选侍对这样的结果实属意外，最后还是很感激地迁出了乾清宫。
午后，颁先帝遗诏。朱慈焯亲批了第一个奏本，把几名私自进药、谋弑君上的罪犯宰于西市，欲图结束这场帝位交替时的争斗。
稍后升殿与众臣属见面，刚从辽东检阅军马回朝的户科给事中姚宗文出班奏事，弹劾说熊廷弼在边地假名增税，勒索小民，声言筑城御敌，实是误国欺君。
朱慈焯听着脸色便沉了下来，待姚宗文说完一言不发，接下去果然一群大臣纷纷而上，一齐把炸弹扔向边关重臣熊廷弼。
朱慈焯记性极好，一个个记住了他们的名字，转眼看看都给事中杨涟说道：“把今日跟从弹劾的官员全都记下名姓。熊爱卿是戍边重臣，他在替朕守国门，你们在背后胡乱弹劾，可是负有扰乱疆防与军心之责，以后这种弹劾不得在朝堂上进行。此事如有不实，或是姚宗文索贿不得受人指使而出，其罪当诛。盲目妄劾跟风者皆除官没产以资军用。钦此！”大明乱七八遭的朝政非下重责而不能除。
姚宗文一听便跪下连呼“皇上饶命”，他刚刚回京对小皇帝一无所知，根本想不到朱慈焯出手会如此狠，没听完敕命就退脚发软地跪下了。
“锦衣卫，立刻查办！”王安此时发了一下威，心道，小祖宗可真不简单呐，以后可得小心着点。
杨涟本没想到会发生这种事情，按以往这样的弹劾是非常有效的，起码会暂停熊廷弼的职务。可是少帝却能看到其中更关键的问题，于疆防与失土这样的大事而言，熊廷弼这些罪名根本算不得什么，何况真实与否都难定论。
可是现在有了一群跟风的属下，这事牵涉就大了，少帝更有可能把六科给撤了，杨涟更知道朱慈焯对六科言官参与党争之事深恶痛绝。现在的问题是朱慈焯不愿意对朝廷官员作重大调整，他担心首辅方从哲所掌朝廷有可能会延续万历朝时腐败的吏治。
在一些官员有劝阻之后，杨涟出班跪了奏道：“陛下，党争之患定须除，但非一两月所能除去。望陛下法外开恩，先饶过这些妄劾跟风者，容臣对六科官员进行一月的规整，希望今后断凡不再参与党争。臣在此向陛下立下军令状，一月之后六科这内再无任何党徒，仅为陛下效忠，为大明朝廷效力，为天下百姓谋福！”
杨涟以退为进，一番话说得铿锵有力、荡气回肠，众官自然也一起跟着表白。朱慈焯看着呵呵冷笑，说道：“不是说冰冻三尺非一日之寒吗？杨爱卿有这个决心最好。那就先饶过他们一回，下次再犯可要加重处罚了。”
朱慈焯又大声说道：“今后六科官员，如有无凭无据扰乱朝廷、诬陷命官者，此族在大明一朝不得出仕为官！钦此！”这样的处罚是致命的，比杀身之祸还要可怕，而且皇帝开的尊口，将来每朝每代就算换了清朝入主也会延用。
朱慈焯望着一齐跪拜山呼万岁的众臣，心里有些飘飘然，政治虽然是骗人的东西的，但对统治者是绝对有用的。他现在所做的就是要彻底解决红丸、廷击两案对今后自己朝廷的影响，同时逐渐把各党派的界限模糊化，直至最后的消除。这样大明王朝才有更长久存在的希望。